水质采样器的作用是采集具有代表性的水样，以供后续水样的水质检测工作。因此代表性水样的采集极其关键，除水样采集过程中应注意水样的保护外，采集完成后防止水样被刻意替换也同等重要。
水样采集之前，采样器操作控制人员可通过“管理员功能"对采样时间、采样间隔、采样量、采样方式等进行参数设置，设置完成后牢记设置的密码并启动程序。采样器会按照预设的程序进行运行工作，后来的人员无访问密码则无法对参数进行修改，只能进行简单的数据查询及报警查询等，该功能实现了采样过程中对水样的保护。
水样采集过程中以及采样完成后，为防止人为替换水样，便携式自动水质采样器还添加了机械物理锁以及开关门记录。机械物理锁是水样防止被人为替换的第一重保护，为了保证整体美观以及锁具的牢固性，设计时选择高强度铝合金锁，既能实现高强度防撬性同时搭配整体外观又不失美观性，在上锁后只有凭借开锁钥匙才能打开采样器的水样存储箱。另外采样器的开关门记录作为第二重保护可以将每次打开、关闭水样存储箱的时间详细记录，仪器操作控制人员只需查询开关门记录即可知晓该次采集的水样是否被开启过继而判断该水样的是否具有代表性。
