对浮游菌采样器的校准过程存在两种方法，分别为对目标采样时间和目标采样流量的调节；从而满足目标总采样体积的要求。
方法1：将实测流量值输入采样器，即实际流量值修正。通过调整采样时间，即使实测流量比预设流量差很多，仍然保障采样总体积的准确性。
方法2：通过调节风机功率来调节并达到目标:采样流量，即目标流量值调节。该方法根据调节步骤又分为硬件调节和软件调节。
对于普通的大气采样器，方法1是合适的，因为它强调累积采样体积的准确性。但对于浮游菌采样器，不仅采样体积是重要的，采样流量也是重要的，因为它是利用安德森撞击原理，将空气中浮游菌撞击采集到琼脂上进行培养计数的。
由于这种收集跟微粒的大小和撞击速度有关，而和采样时间无关。因此，如果采样流量发生大的偏差(一般偏小)，即使方法1得到的最终采样体积是准确的，但由于撞击速度不够，只有大微粒被捕集，而小微粒被漏掉，测量结果不准确，可能会造成大的损失。
一般来说，负载能力强的采样器，可直接与传统气体采样器流量校验装置连接和检测。低负载浮游菌采样器，只能利用基于叶轮风速计或罗茨流量计原理的校准装置进行检测，两种装置各有利弊。
